Årsmedeltemperaturen i Mälarens närområde (Hässlö – Västerås) var 7,5°C, vilket var 1,5 grader högre än normalt. Endast mars var kallare än under normalperioden 1961-1990. Årsnederbörden var 724 mm, vilket var ungefär 34 % större än normalt för området.
I samband med vårfloden i april var vattenståndet 3 cm högre än normalt. En varm och nederbördsrik höst medförde att vattenståndet under årets sista månader steg från 7 cm till 19 cm över det normala. Årsflödet ut från Mälaren var 5500 Mm3, vilket var 16 % större än genomsnittet under perioden 1968-2005.
Vattenkemi
Årslägsta pH-värde var över 6,9 (nära neutralt) i ytvattnet och buffertkapaciteten var mycket god i hela Mälaren. Konduktiviteten, som är ett mått på den totala halten lösta salter i vatten, var högst i Ekoln och Skarven och minskade ju längre västerut som provtagningen utfördes. Fosfor- och kvävehalterna bedömdes som måttligt höga i de djupa fjärdarna: Prästfjärden, Södra Björkfjärden och Görväln. Fosforhalten var hög på övriga stationer. Kvävehalten var mycket hög i Ekoln och hög på övriga stationer.
I mars var bl.a. konduktiviteten, alkaliniteten, kväve- och kiselhalterna väsentligt högre i bottenvattnet än i ytvattnet i Svinnegarnsviken. Ammoniumhalten var mer än 20 gånger högre än vid övriga mättillfällen. Det tyder på att vatten från avloppsreningsverket i Enköping skiktats in strax ovanför botten. Ammonium förbrukar syre vid omvandling till nitrit och nitrat och kan ge gifteffekter genom att syrehalten blir mycket låg. Ammonium kan också under vissa betingelser omvandlas till ammoniak, som är mycket giftigt.
Halten av organiska ämnen (TOC) bedömdes som måttligt hög på stationer närmast tillrinnande vattendrag och som låg i de centrala, djupare delarna av sjön (Prästfjärden, Södra Björkfjärden och Görväln).
Vattnet var betydligt färgat i Galten och svagt färgat i de djupa klarningsbassängerna Prästfjärden och Södra Björkfjärden. På övriga stationer var det måttligt färgat. Vattnets färg är främst ett mått på humusoch järnhalter och Mälarens vattenfärg följde samma mönster som halten av organiska ämnen (TOC).
Bottenvattnet i Blacken, Granfjärden och Skarven bedömdes som nästan syrefritt under sensommaren. I de djupa fjärdarna Görväln, S Björkfjärden och Prästfjärden förelåg måttligt syrerikt tillstånd.
Siktdjupet bedömdes som mycket litet (<1 m) i Galten i augusti och som måttligt stort (2,5-5 m) i Prästfjärden och österut. I Ekoln och övriga stationer var det litet.
Klorofyllhalten i augusti bedömdes som hög till mycket hög i de fyra västligaste stationerna och som mycket låg till måttligt hög på övriga stationer.
Växtplankton
Biomassan av vårutvecklande kiselalger var högst i slutet på maj och dominerades av släktet Aulacoseira. Störst var mängden i Ekoln. Vid augustiprovtagningen hade Galten och Granfjärden de absolut största mängderna av planktiska alger.
Blomning av blågrönalger uppmättes i sex delar av Mälaren: Galten, Västerås-, Granoch Ulvhällsfjärden samt Svinnegarnsviken och Ekoln. Antalet potentiellt toxinproducerande blågrönalger bedömdes som måttligt stort till mycket stort.
Den potentiellt besvärsbildande flagellaten Gonyostomum semen påträffades i undersökningen bara i Galten. Arten kan i större mängder orsaka hudbesvär i form av klåda. De uppmätta mängderna i Galten var dock små.
Sammantaget visade planktonundersökningen att Galten hade ett näringsrikt till mycket näringsrikt tillstånd och var den artrikaste lokalen i undersökningen.
Djurplankton
Totalt identifierades 64 djurplanktonarter i Mälaren 2006. Artrikedomen var högst i Granfjärden. Det fanns arter som indikerade näringsrikedom och andra som indikerade naturlig och mänsklig påverkan på arters utbredning. Den glacial relikta hoppkräftan (copepoden) Limnocalanus macrurus var livskraftig i Ekoln, Görväln och Granfjärden. Här fanns också människospridda invasionsarter, som larver av vandrarmusslan, Dreissena polymorpha, och en invandrad rotatorie, Kellicottia bostoniensis.
Under 2006 var individtätheten av djurplankton tidvis högre än normalt (d.v.s. jämfört med prov från provtagningsperiodens början på 1990-talet till 2005) för Mälaren. De högsta djurplanktonmängderna uppmättes i Granfjärden, Ekoln och Södra Björkfjärden, men p.g.a. artsammansättningen var biomassan inte högre än tidigare.
Miljösituationen varierade mellan de provtagna lokalerna och bedömningen från 2004 och 2005 kvartstår: Granfjärden och Görväln klassificeras som de mest näringspåverkade, Ekoln intar en mellanställning och Södra Björkfjärden bedömdes som den minst näringspåverkade.
Bottenfauna
Bottenfaunan dominerades generellt av fåborstmaskar samt tofs- och fjädermyggor. I Södra Björkfjärden och Görväln var dock den syrekrävande och relativt näringsämneskänsliga vitmärlan Monoporeia affinis vanligast.
Bottenfaunan visade generellt på måttligt näringsrika förhållanden, men i Görväln, Södra Björkfjärden och norra Prästfjärden var bedömningen på gränsen till näringsfattiga förhållanden. Bottenfaunans sammansättning visade på att det i Ekoln förelåg ett måttligt syrerikt tillstånd i bottenvattnet, medan tillståndet bedömdes som syrefattigt i Skarven och Granfjärden och som syrerikt på övriga provytor.
Utgående från bottenfaunasamhället tycks syre- och näringssituationen ha varit relativt oförändrad i Ekoln, Skarven och Södra Björkfjärden jämfört med tidigare år. I Görväln, Granfjärden och Prästfjärden finns en antydan till förbättrade förhållanden sedan slutet på 1990-talet. Variationen i täthet hos vitmärlorna försvårar emellertid bedömningarna, eftersom känsliga arter i låga tätheter förmodlingen konkurrerats ut. Vitmärlan uppvisar normalt stora mellanårsvariationer med avseende på täthet och har inte bedömts indikera ett försämrat näringsämnestillstånd.